Die nachfolgende Abbildung zeigt die schematische Gliederung einer Flussaue der gemäßigten Klimazone mit Bezug zu den wechselnden Wasserständen zwischen Niedrig- und Hochwasserabflüssen.
Auenlandschaften befinden sich vorwiegend an den Niederungen der Mittel- und Unterläufe von Flüssen und Bächen und können im Flachland bei natürlicher Ausprägung ohne menschliche Eingriffe mehrere Kilometer in der Breite einnehmen. In den steileren Oberläufen sowie bei montanen und alpinen Fließgewässern ist die Aue infolge der lateralen Begrenzungen durch die Topografie deutlich kleiner ausgebildet oder fehlt auch häufig gänzlich. Hier wachsen dann oft auch Nadelbäume bis an den Gewässerrand.
Naturnahe Flussauen sind geprägt von einer hohen Dynamik durch das fließende Wasser und weisen eine sehr große Artenvielfalt an Pflanzen und Tieren auf. Die schwankenden Abflüsse zwischen Niedrig- und Hochwasser führen zur Ausbildung verschiedenartiger, sehr strukturreicher aquatischer, amphibischer und terrestrischer Lebensräume, die in einer engen Wechselwirkung zueinander stehen und aus ökologischer Sicht als ausgesprochen wertvoll angesehen werden. Neben der hohen Biodiversität spielt auch die Reinigungswirkung der Aue zur Verbesserung der Wasserqualität eine große Rolle, und auch auf den Hochwasserschutz von unterhalb befindlichen menschlichen Siedlungsgebieten wirken sich weite Auenlandschaften positiv aus, da sie durch den extremen hydraulischen Rauheitseffekt der Vegetation den Abfluss verlangsamen (fließende Retention) und zugleich auch in der Fläche erhebliche Wassermengen zurückhalten und somit das Hochwasser wesentlich dämpfen können (stehende Retention).
Die einzelnen charakteristischen Vegetationsgesellschaften in der Aue sind an die wechselnden Überflutungsbedingungen ihrer jeweiligen Standorte angepasst. In der Weichholzaue dominieren Pflanzenarten, die eine häufige und auch länger andauernde Überflutung vertragen, wie vor allem verschiedene Weidenarten sowie Schwarz- und Grauererlen. Die Wurzeln dieser Pflanzenarten sind hydrophil, sie wachsen in Richtung des Wassers und stabilisieren Ufer und Böschungen. Die Hartholzaue wird nur noch ein- bis zweimal jährlich für insgesamt etwa 20 bis maximal 50 Tage überschwemmt. Die Vegetation besteht hier aus mehreren Schichten, wobei unter den Hauptbaumarten vor allem Eschen, Pappeln, Erlen, Ulmen, Stileiche und Berg-Ahorn vorkommen. Des Weiteren finden sich hier unter natürlichen Bedingungen eine dichte Strauch- und Krautschicht und große Mengen an Totholz, das im gesamten Gewässerumfeld einen wichtigen Lebensraum für zahlreiche Tierarten bietet und die Strukturvielfalt der Gewässer wesentlich erhöht.
Eine hohe flussmorphologische Variabilität ist ein weiteres Kennzeichen einer naturnahen Aue. So finden sich auch regelmäßig Altarme, Kies- und Sandinseln, Prall- und Gleithänge, Flussverzweigungen und Nebenarme in diesen freien Gewässerlandschaften, die jedoch aufgrund nahezu flächendeckender menschlicher Eingriffe in Mitteleuropa inzwischen sehr selten geworden sind.
Die Pflanzengesellschaften der Aue werden auch als azonale Vegetation bezeichnet. Oberhalb der Hartholzaue beginnt die standortbezogene, zonale Vegetation. Die folgende Seite listet eine Auswahl an Pflanzenarten der mitteleuropäischen Auenlandschaften auf.